Erste erfolgversprechende Initiativen, das Vermächtnis Johannes Keplers zu pflegen und einer breiten Öffentlichkeit zugänglich zu machen, reichen zurück in die 30er-Jahre des 20. Jahrhunderts. Nachdem schon im Jahr 1870 in Weil der Stadt auf dem Marktplatz das große Kepler-Denkmal aufgestellt wurde, das nur wenige Schritte von Keplers Geburtshaus entfernt ist, in dem heute das Kepler-Museum ein Anziehungspunkt für Besucher aus aller Welt ist, wird im Jahr 1935 nach wichtigen Vorarbeiten des Mathematikers und langjährigen Rektors der Technischen Hochschule München, Professor Walther von Dyck, von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften die „Kommission für die Herausgabe des Gesamtwerkes von Johannes Kepler“ gegründet. Der bereits damals als Kepler-Forscher ausgewiesene Professor Max Caspar, der an der Universität Tübingen Theologie und Mathematik studiert hatte, wird als Leiter der Kepler-Edition gewonnen.
1938 wird der „Verein Keplerhaus“ gegründet mit dem Ziel, das Haus, in dem Johannes Kepler am 27. Dezember 1571 in Weil der Stadt geboren wurde, zu erwerben, zu sanieren und dort ein Kepler-Museum einzurichten. Das ist die Geburtsstunde der Kepler-Gesellschaft. Erster Vorsitzender wird Professor Max Caspar. Auf Initiative von Max Caspar, dem Weil der Städter Bürgermeister Hermann Schütz und Paul Reusch, dem Vorstandsvorsitzenden der Gutehoffnungshütte, kann das Geburtshaus Keplers gekauft und 1940 das Kepler-Museum feierlich eingeweiht werden.
1951 übernimmt Dr. Franz Hammer den Vorsitz des Vereins Keplerhaus und 1956 auch die Verantwortung für die Kepler-Edition bei der Bayerischen Akademie der Wissenschaften. Der Verein Keplerhaus wird zur Kepler-Gesellschaft erweitert.
1962 wird Professor Walther Gerlach der Vorsitzende der Kepler-Gesellschaft. Ein besonderer Höhepunkt der Kepler-Gesellschaft war 1971 die Festveranstaltung und das viertägige Internationale Kepler-Symposium anlässlich des 400. Geburtstages Keplers.
1972 übernimmt Professor Walter Rentschler den Vorsitz. In den folgenden Jahren wurde im Kepler-Saal des Carl-Zeiss-Planetariums in Stuttgart die viel beachtete Vortragsreihe Große Mathematiker und Naturforscher durchgeführt.
Von 2001 bis 2013 war Professor Manfred Fischer Vorsitzender der Kepler-Gesellschaft. 2002 wurde die Kepler-Sternwarte errichtet und die Gruppe der „Amateurastronomen der Kepler-Sternwarte (AKS)“ gegründet, der seit 2011 auch eine Jugendgruppe angegliedert ist. 2006 wurde die Verleihung des Kepler-Preises eingeführt, die Sternwarte wurde durch einen Aufenthaltsraum erweitert. Im Internationalen Jahr der Astronomie 2009 wurden zusammen mit den Universitäten Stuttgart und Tübingen zahlreiche Veranstaltungen zu 400 Jahre Keplers "Astronomia Nova" durchgeführt. 2013 wurde das 75-jährige Bestehen der Kepler-Gesellschaft gefeiert.
Seit 2013 ist Professor Klaus Werner Vorsitzender der Kepler-Gesellschaft. 2015 wurde das 75-jährige Bestehen des Kepler-Museums gefeiert. 2019 fanden in Weil der Stadt und an der Universität Tübingen Jubiläumsveranstaltungen zu Keplers "400 Jahre Harmonice Mundi" statt.
